La vallée de Baigorri, comprise dans le diocèse de Bayonne, est aussi une seigneurie navarraise confiée par le roi Santxo III de Pampelune à un grand noble de son royaume. Il porte le titre de vicomte, dès 1033. Les 11 hameaux de la vallée sont sous son autorité : Donostei (Saint-Étienne), Leizparze (Leispars), Urdoze (Urdos), Okoze (Occos), Otikorene (Oticoren), Germieta (Guermiette), Irulegi (Irouléguy), Sorhoeta (Sorhouette), Lasa (Lasse), Anhauze (Anhaux) et Azkarate (Ascarat).
La conquête de la Navarre, entre 1512 et 1527, puis sa séparation en deux, place Baigorri dans un nouveau royaume de Navarre, réduit aux vallées du nord des Pyrénées : la future « Basse Navarre ». Pampelune et le Sud des Pyrénées sont, eux, incorporés au royaume d'Espagne.
Au sud du hameau de Donostei (aujourd'hui, au bout de la déviation) s'étendait Kintoa, le Pays Quint. Ces terres de montagnes et de forêts étaient des pâturages communs utilisés par l'ensemble des habitants de la vallée, mais aussi, par les bergers et éleveurs des vallées navarraises voisines de Erro et Baztan. Dès la fin du XVIe siècle, les cadets de Baigorri, dont la population va croissant, s'installent dans ces terres communes, au grand scandale des aînés du bas de la vallée, et des habitants des vallées voisines, qui appartiennent désormais à un autre royaume. Au XVIIe siècle, la paroisse d'Aldude (Les Aldudes) s'affirme, puis au XVIIIe, avec le développement de l'exploitation des mines, c'est autour de Banka (Banca), alors dénommé « La Fonderie ». La colonisation du Kintoa crée des tensions internationales.
En 1789, la Révolution française modifie l'organisation de l'ancienne vallée. 6 hameaux, Donostei, Leizparze, Urdoze, Otikorene, Okoze et Germieta, forment désormais la commune de Saint-Étienne-de-Baïgorry, que ses habitants appellent simplement « Baigorri ». Elle est alors peuplée de plus de 3 000 d'habitants.
Sorhoeta et Irulegi sont rassemblés dans la commune d'Irouléguy, Anhauze, Azkarate, Lasa, Aldude et Banka deviennent chacun une commune. Enfin, en 1862, Urepele (Urepel), en fond de vallée, s'émancipe d'Aldude pour former une commune autonome.
L'ensemble de ces communes, auxquelles s'ajoutent les communes de la vallée d'Ossès, forme le canton de Saint-Étienne-de-Baïgorry, dont Baigorri est le chef-lieu, depuis 1802.
À partir du milieu du XIXe siècle, Baigorri est un lieu de départ massif des jeunes vers les États-Unis (Californie, Montana, Nevada). L'émigration ne cesse vraiment que dans les années 1970. Durant cette période, la commune, dont le caractère rural et agricole reste affirmé, voit sa population décroître, passant de 2 500 à 1 800 habitants.
La fin des années 1970 et les années 1980 sont une période de renouveau culturel (affirmation de la culture et de l'identité basques), mais aussi de confrontation politique forte. En effet, certains jeunes du village s'engagent dans le mouvement clandestin Iparretarrak. Mais depuis la fin des années 1990, les tensions s'estompent à Baigorri. Sa population se stabilise autour de 1 600 habitants et le monde agricole privilégie peu à peu la production de qualité : vins d'Irouléguy, fromages de brebis de l'AOC Ossau-Iraty, piscicultures, charcuterie.
Le(s) blason(s) de Baigorri
Le blason de Baigorri est médiéval, il appartient, à l'origine, à l'ensemble des 11 hameaux formant la vallée de Baigorry. Avec le temps, chacun des villages ayant pris pour blason celui de la famille ou de la maison noble qui y résidait, il est devenu le blason de Saint-Étienne-de-Baïgorry.
« Au chef d'azur chargé d'un croissant renversé d'argent » : la partie haute du blason fait très probablement référence à la participation victorieuse des Baigorriar dans une bataille contre l'Islam, d'où le croissant de lune musulman renversé. Aux XIIe et XIIIe siècles, les Navarrais sont engagés dans la Reconquista chrétienne contre les musulmans de la péninsule Ibérique.
« D'or à trois fasces ondées d'azur » : la partie centrale rappelle, sans les reproduire exactement, les armes des vicomtes de Baigorri, les seigneurs d'Etxauz « D'argent à trois fasces d'azur ».
« À la champagne d'azur chargée d'une étoile à huit rais d'argent » : la partie basse du blason rattache une nouvelle fois Baigorri à la Navarre : l'étoile à huit branches, croix de Saint-André sur croix grecque, est très ancienne en Navarre, elle est présente dans plusieurs autres blasons de villes ou de localités navarraises comme Estella (Lizarra) ou Villava (Atarrabia).
Urdoze et Leizparze ont quant à eux conservé le blason de la famille noble qui y vivait.